虚拟仿真实验教学中心拟定了多种制度以保证各项工作能够正常进行，包括实验室安全制度、实验保密制度、档案资料管理制度、仪器设备管理制度、实验室卫生制度等。将通过全面、科学合理的运行管理机制，实行“开放、流动、联合、竞争”的高校运营，贯彻“建设+研究+开放+实践”的有效联动原则，实现本实验中心的教学资源网络平台、仪器设备、标本样品、科学数据、科技文献信息等科技资源的合理共享，发挥中心的资源价值与学生培养的深度融合。

虚拟仿真实验教学中心，在学校实验室管理统一制度的基础上，制定了完备的管理规则制度和规范，具体有《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心实验教学管理办法》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心实验教学规程》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心学生实验守则》，《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心实验室规则》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心安全规则》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心网络安全管理规定》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心管理制度》，《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心主任职责》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心器材借用损失赔偿办法》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心关于实验室开放的管理办法》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心辅助实验教学技术岗位的职责》《西南财经大学天府学院虚拟仿真实验教学中心教学仪器设备维修管理办法》等。通过完整的管理制度体系，达到教学中心建立的预期目标。同时也严格按照学校相关的考评办法对实验室人员进行日常表现、业务能力、教学效果等开展综合评价，学院也将在中心建设的过程中建立一套监控制度，实现校院两级督导机制的双向考核。